ชินอิจิเป็นนักสืบมัธยมปลายปีที่ 5 ห้อง B โรงเรียนมัธยมปลายเทตัน ที่มีชื่อเสียง ได้รับขนานนามว่าผู้กอบกู้วงการตำรวจญี่ปุ่น, ยอดนักสืบแห่งตะวันออก, และ เชอร์ล็อก โฮมส์แห่งยุคเฮย์เซ เป็นลูกชายเพียงคนเดียวของ คุโด้ ยูซากุ และคุโด้ ยูกิโกะ เกิดเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม อาศัยอยู่ที่เมืองเบกะ หมู่ 2/21
วันหนึ่ง ชินอิจิได้พาโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กไปยังสวนสนุกทรอปิคอลแลนด์ เพื่อฉลองชัยชนะคาราเต้ระดับเขตของเธอ ชินอิจิได้ไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นบนรถไฟเหาะได้ หลังจากที่กำลังจะกลับบ้าน ชินอิจิได้ขอตัวรัน เพื่อตามชายชุดดำต้องสงสัย วอดก้า ชินอิจิได้เห็นการขู่กรรโชกระหว่างวอดก้า และประธานบริษัทนอกสวนสนุก หลังจากนั้นไม่นานยีน ชายชุดดำอีกคนได้ตีหัวชินอิจิจนล้มจากด้านหลัง หลังจากนั้นยีนได้จับกรอกยาพิษ APTX4869 หวังให้ชินอิจิตาย แต่ชินอิจิกลับไม่ตาย แต่ร่างกายกลับตัวเล็กลงเป็นเด็ก เมื่อชินอิจิได้สติกลับมาจึงรีบกลับบ้าน และปรึกษาดร.อากาสะ ฮิโรชิ นักวิทยาศาสตร์ข้างบ้านตน โดยอากาสะได้แนะนำให้ชินอิจิไปอยู่บ้านของรัน หรือสำนักงานนักสืบโมริ และปิดเงียบความลับเอาไว้ไม่ให้ใครรู้
รันได้มาหาชินอิจิที่บ้านด้วยความเป็นห่วง และได้เห็นชินอิจิที่ตัวเล็กลง พอถูกรันถามชื่อ ชินอิจิก็เหลือบไปเห็นหนังสือนวนิยายด้านหลัง ที่มีชื่อนักเขียนชื่อดังอย่าง เอโดงาวะ รัมโป และ อาร์เธอร์ โคนัน ดอยล์ ชินอิจิจึงตอบรันไปว่าตนชื่อ เอโดงาวะ โคนัน และเพื่อสืบข่าวคราวของชายชุดดำ โคนันจึงไปอาศัยอยู่กับ รัน และ โมริ โคโกโร่ พ่อของเธอที่เป็นนักสืบเอกชน
โคนันต้องกลับมาเรียนชั้นประถมศึกษาใหม่ เพื่อปกปิดความจริงของเขา และได้รู้จักกับ โคจิมะ เก็นตะ, ซึบุรายะ มิซึฮิโกะ, และ โยชิดะ อายูมิ จึงได้ก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชนขึ้น
เนื่องด้วยโคนันจำเป็นต้องให้โคโกโร่มีชื่อเสียง เพื่อที่จะมีผู้ว่าจ้างให้ทำคดีเกี่ยวกับองค์กรชุดดำ โคนันจึงต้องช่วยคลี่คลายคดีด้วยอุปกรณ์หลัก 2 ชิ้น คือหูกระต่ายเปลี่ยนเสียง และ นาฬิกายิงยาสลบ จนทำให้คนทั่วไปรู้จักในนามว่า โคโกโร่นิทรา เพราะเวลาคลี่คลายคดีจะทำท่าเหมือนกำลังนอนหลับ
อุปกรณ์ของโคนัน
หูกระต่ายเปลี่ยนเสียง (Voice-Changing Bowtie) หูกระต่ายสีแดงที่โคนันมักติดคอเสื้ออยู่เสมอเป็นเครื่องมือเปลี่ยนเสียงที่โคนันใช้เป็นประจำ เพราะโคนันไม่สามารถเปิดเผยตัวเองในการคลี่คลายคดีได้ จึงต้องยืมเสียงของคนอื่นมาพูดอีกทีหนึ่ง เสียงที่โคนันใช้ในการแก้ไขคดีบ่อยที่สุด คือ เสียงของโมริ โคโกโร่ (หมายเลข 59)ในเรื่องยอดนักสืบจิ๋วโคนัน โคนันจะมีอุปกรณ์ที่ ดร.อากาสะ ฮิโรชิ ช่วยประดิษฐ์ขึ้นเพื่อประโยชน์ในการสืบสวน และการติดตามคนร้าย
- รองเท้าเพิ่มพลังเตะ (Power-Enhancing Kick Shoes) เป็นรองเท้าที่ช่วยเพิ่มพลังเตะได้อย่างมาก เป็นอุปกรณ์ที่ใช้ไฟฟ้าและพลังแม่เหล็กกระตุ้นจุดบนเท้า เพื่อเพิ่มพลังกล้ามเนื้อให้ถึงขีดสุด
- เครื่องดักฟังขนาดจิ๋ว และเครื่องรับสัญญาณ Glasses Modification (Microphone) เริ่มแรก ดร.อากาสะ ฮิโรชิ ได้นำแว่นตาดัดแปลงเป็นเครื่องรับสัญญาณดับฟัง แล้วใช้หางของแว่นตาเป็นที่ดักฟัง โคนันมักจะนำมาใช้ร่วมกับหมากฝรั่ง
- นาฬิกายิงยาสลบ (Stun-Gun Wristwatch) เป็นนาฬิกาที่สามารถยิงเข็มยาสลบให้คนสลบได้ โดยหน้าจอจะสามารถยิงแสงอินฟราเรดล็อกเป้าหมายได้ประมาณ 2เมตร เข็มจะเคลือบด้วยยาสลบชนิดออกฤทธิ์เฉียบพลัน ยาจะแพร่กระจายไปทั่วร่างกายภายในเวลาไม่ถึง 5 วินาที และการยิงจะสามารถยิงได้แค่หนึ่งครั้งเท่านั้น ซึ่งส่วนใหญ่โคนันจะยิงยาสลบกับโมริ โคโกโร่เพื่อใช้แก้ไขคดี และในเดอะมูฟวี่17 ได้มีการเพิ่มโทรศัพท์ดาวเทียมและแฟลชไดรฟ์อีกด้วย
